1.三維分子類
RASMOL：觀看生物分子3D微觀立體結構
RasTop：為RasMol2.7.1的圖形用户界面軟件
CHIME：直接在瀏覽器中觀看3D分子
MolMol：將pdb等格式的蛋白文件通過微調，存成普通的圖形文件
：rasmol(win)rasmol新版本及漢化版本
CrystInfo：用來快速、容易地構建、觀察與檢查晶體3D結構
PDViewer：PDB格式文件的查看程序
WeblabViewlite：三維分子瀏覽工具及大量分子文件例子
WeblabViewerPro：三維分子瀏覽工具
ICMLite：三維分子瀏覽工具，有一些其他軟件沒有的功能
VMD：三維分子瀏覽工具，可以進行動態顯示
CN3D：3D分子結構觀察軟件
WPDB：PDB文件檢索顯示分析軟件
DTMM：三維分子模型顯示、編輯與構建程序
Mole：高性能的大分子三維圖形顯示計算工具
gopenmol：顯示並分析分子結構及其特性
POV-Rayv：生成三維圖像工具軟件
MolPOV：將PDB文件轉化為POV格式文件的'軟件
Mol2Mol：分子文件格式轉換軟件
PovChem：將PDB文件轉化為POV格式的文件
Ortep-3forWindows：生成分子的熱橢圓形點圖
PLATON：通用結晶學軟件工具
Mage：讀取並演示Kinemage格式文件的專用軟件
Prekin：將PDB格式文件轉換為Kinemage格式文件
Swiss-PdbViewer：PDB文件顯示與分析軟件
DINAMO：蛋白序列排隊比較編輯與三維模型構建工具
PCMoleeule2Lite：查看PDB格式文件的免費軟件
StrukEd：化學分子編輯與三維模型生成軟件
JMVC：使用JAVA技術編寫的三維分子查看器
ReView：讀取及分析XYZ格式三維分子文件
Oscail：用來處理、定義與檢查小分子單晶的軟件包
Moilin：分子構建與觀察軟件
Tinker：與Moilin配套的DOS下的分子設計建模
